车窗升降系统故障确实会影响汽车年检。

在进行年检时，车辆外观检查是必不可少的一个环节，其中就包括了车窗的检测。如果车窗升降功能失灵，可能无法通过年检。

车窗升降系统出现故障时，建议先尝试进行重置。重置的方法通常是启动汽车后按住按钮控制玻璃升顶，持续3秒后再松开，然后再重新按下并保持。这一过程可以帮助恢复车窗升降功能。如果重置后问题仍然存在，建议及时进行维修，确保车窗升降功能恢复正常后再进行年检。

年检过程中，会对汽车的各个方面进行全面检测：

检查发动机、底盘、车身及其附属设备是否清洁、齐全、有效，漆面是否均匀美观，各主要总成是否更换，与初检记录是否相符；

检验车辆的制动性、转向操纵性、灯光、排气及其他安全性能是否符合“机动车安全运行技术条件”的要求；

核实车辆是否经过改装、改型、改造，行驶证、号牌、车辆档案所有登记是否与车况相符，是否有变化，是否办理了审批和异动、变更手续；

检查号牌、行驶证及车上喷印的号牌放大字样是否有损坏、涂改或字迹不清的情况，是否需要更换；

对于大型汽车，还需检查车门两侧是否按照规定喷写单位名称或车辆所在的街道、乡、镇名称和驾驶室限坐人数；

对于货车，需检查后栏板外侧是否按规定喷写放大2~3倍的车号，个体或联营户的汽车还需检查门的两侧是否喷写有“个体”字样，字迹要求清晰，不得喷写单位代号或其它图案。